Στο τμήμα ενδοσκοπήσεων πεπτικού διενεργούνται όλες οι διαγνωστικές, καθώς και ορισμένες επεμβατικές τεχνικές. Συγκεκριμένα εκτελούνται
- Γαστροσκόπηση (ενδοσκόπηση στομάχου-οισοφάγου-δωδεκαδακτύλου)
- Κολονοσκόπηση (ολική ενδοσκόπηση παχέος εντέρου)
- Ενδοσκόπηση αφαίρεση πολυπόδων παχέος εντέρου, στομάχου, οισοφάγου, δωδεκαδακτύλου (πολυποδεκτομή)
Οι ενδοσκοπήσεις, (διαγνωστικές ή επεμβατικές), διενεργούνται με καταστολή υπό συνεχείς monitoring όπως επιβάλλουν οι διεθνείς κατευθυντήριες οδηγίες και τα πρωτόκολλα καταστολή, καθώς το ιατρείο φέρει όλον τον εξοπλισμό που απαιτείται για την ασφάλεια του ασθενούς. Επίσης η παρουσία χειρουργικής διαθερμίας επιτρέπει την διενέργεια πολυποδεκτομών κατά την διάρκεια της ενδοσκόπησης χωρίς να χρειάζεται ο ασθενής να υποβληθεί σε επαναληπτική εξέταση.
Οι κολονοσκοπήσεις διενεργούνται με χορήγηση CO2 ώστε μετά το πέρας αυτής να ελαχιστοποιείται ο τυμπανισμός, ο μετεωρισμός και το αίσθημα παραμονής αερίων στο παχύ έντερο του ασθενούς (σχεδόν μηδενική δυσανεξία).